Deine Städte sind doch gut versorgt. Das passt schon so weit. Es ist normal, dass nicht jede Ware auf 100% steht. 60 bis 70% sind da mehr oder weniger schon das Optimum. 
An Hand der Bilder würde ich aber eher darauf tippen, dass die ganze Sache zu kompliziert angelegt ist. Das ist aber allgemein ein Problem von Aufbau oder Transportspielen, mit wechselnden oder neu zugeschalteten Möglichkeiten.
Am Ende muss man schon zu Beginn Dinge mit einplanen, die erst später im Spiel benötigt werden und wo mögliche Fehler um so deutlicher bzw. nicht mehr oder nur schwer korrigiert werden können. Eine ganze Zeit versucht man zwar, die Fehler zu korrigieren. Doch das gelingt nicht immer oder nur mit einigem Aufwand.
Das Ende vom Lied ist dann nicht selten, auf ein neues Spiel zu warten und begangene Fehler nicht nochmal zu tätigen. 
Tipp: Mein Grundgedanke im regulären Modus war immer davon geprägt, von Beginn an so viel als möglich zu zentralisieren und sofort alle Fabriken entsprechend anzuschließen. Gerade bei Transport Fever geht das eigentlich ausgezeichnet, weil alle Fabriken sofort zur Verfügung stehen.
In dem Sinne habe ich meine Karten gedanklich immer in Segmente geteilt (z.B. in A, B,C), jedem Segment relativ mittig einen Güterhauptbahnhof zugeteilt und jeweils mit den vier Grundgütern (Tank, Güter geschlossen, Güter offen, Runge im allgemeinen Modus) zweigleisig untereinander verbunden. Danach braucht man nur noch die Fabriken mit LKW am jeweiligen Segment Hbh anzuschließen und vom Hbh die im jeweiligen Segment liegenden Städte per LKW oder auch Zug zu beliefern. (Je nachdem, wie es passt oder nötig ist.) Die Waren bzw. Güter verteilen sich dann weitgehend automatisch.
Zusatz: Wenn in einem Segment die vollständige Warenkette vorhanden ist (z.B. Bauernhof, Lebensmittelwerk), bleibt das Prinzip mehr oder weniger gleich. Getreide/ Vieh per LKW direkt zum LBW, Lebensmittel per LKW zum Hbh des jeweiligen Segmentes, um von dort an die Stadt geliefert zu werden.
Meiner Erfahrung nach konnte ich damit auch immer ganz gut die einzelnen Produktionsschwankungen der Fabriken ausgleichen.
Aber letztlich muss jeder für sich die beste Lösung finden. Manche wollen auch für jede Ware oder jedes Gut ein gesondert zugewiesene Linie. Also eine Eisenerzlinie, eine Kohlelinie, eine Stahllinie usw. usf. Wie gesagt, da muss jeder für sich eine Methode finden.
Noch ein Tipp: Nicht jede Katastrophenmeldung der KI für bare Münze nehmen. Die KI im Spiel dient eigentlich nur dazu, dir den Spielspaß zu nehmen. Dir deine Unfähigkeit vor Augen zu führen und dich für verrückt zu erklären. Deshalb baut sie auch ständig Häuser oder Straßen, wo man sich nicht braucht. Sie ist die reine Böswilligkeit. 
Gruß