Wie du an Version 1.2 von meiner Festplatte gekommen bist, wäre ja spannend - veröffentlicht ist nur die 1.1.2 
Die Ordnerstruktur ist ein Stück weit historisch gewachsen und in dieser Form ein Überbleibsel aus der Entstehung, als die Motras-Variante noch als Addon zur Standardvariante geplant war. Hinzu kommt, dass ein Teil der Module inklusive Texturen von Eisfeuer erstellt wurden, während ich den anderen Teil mit jeweils abweichender Ordnerstruktur erstellt habe. Alles beim zusammenfügen zu ändern wäre zu viel Aufwand gewesen, bzw. ein zu großes Risiko, dass man irgendwo eine Abhängigkeit vergisst.
Um bei Updates keine Abhängigkeiten zu zerschießen, haben beide Mod-Varianten ein identisches Texturenpaket, auch wenn nicht jeweils alle UI-Bilder verwendet werden.
Die Namensgebung der Texturen ist zwar so vielleicht nicht best practice, aber die Verzeichnisstruktur ist ja eindeutig (sie enthält immer lennardo97_stations), so dass weder Dateien des Basis-Spiels, noch von anderen Mods beim Laden überschrieben werden.
Ich selber habe übrigens noch nie das Phänomen der drei gleichen Bahnhöfe bei mir beobachtet, d.h. es muss durchdie Kombination mit eine anderen Mod verursacht werden, die ich nicht kenne.
Das Bahnhofsmenü entsteht ja grundsätzlich dadurch, dass für alles, was auf dem Vanilla-Bahnhof basiert, ein Construction Template erzeugt wird. Im Vanilla-Spiel sind das drei Templates, die in der modular_station.con enthalten sind. Ich nutze dafür einen Modifier, der für jede DB-Era ein weiteres Template hinzufügt. Die Dopplung der Menüs könnte entstehen, wenn der Modifier fälschlicherweise noch eine andere .con findet, dem dann diese Templates hinzugefügt werden.
...das bringt mich gerade auf die Idee, dass ich mir den Filter im Modifier nochmal ansehen muss. Wenn in anderen Mods auch eine modular_station.con vorkommt würde, er die auch finden. Vielleicht ist das des Rätsels Lösung 
Nur Testen kann ich das selber nicht, da ich das Problem ja nicht habe.
Könnte ein Freiwilliger, bei dem das Problem bisher auftaucht, bitte in der mod.lua in Zeile 386 den Text local suffix = "modular_station.con" ersetzen durch local suffix = "construction/station/rail/modular_station/modular_station.con"?
Eventuell reicht das schon.